栽培漁業の対象となる魚介類は、第1に漁獲量が減少したもの、第2に比較的価格の高いものが対象となります。
稚魚を育てるための水槽などの施設を整えたり、そこで働く人の人件費が必要になるため放流する稚魚の経費を考えて、市場で高い価格で取引される付加価値の高い魚種が優先的に対象となります。
現在、栽培漁業としては、研究中の魚種を含めておよそ80種類の魚介類を育てて海に放流されています。
その中でも育てている数の多いものは、魚類ではマダイ、ヒラメ、クロダイ。エビ・カニ類はクルマエビ、ガザミ、ヨシエビ。
その他には、アワビやウニ等も多く育てられています。こうした特に数の多い10種類の魚介類だけでも、年間に1,000万尾以上を育てて海に放流されています。
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