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　急激な人口増加や都市化等に伴い、生活廃水、工業廃水、農業廃水等が湖沼・河川・内湾などに大量に流入するようになりました。
　こうした廃水に多く含まれている窒素やリン等の栄養物質が水中で増えることで、水域内の栄養状態が急激に上昇して、富栄養化(栄養の取り過ぎ状態)が発生します。
　以前は、周辺地域からの生活排水や工業廃水等の流入により、富栄養化の被害が深刻だった琵琶湖では、積極的な水質浄化の取り組みが行われ、今では水質改善が進んでいます。

琵琶湖（滋賀県）

　水中の栄養が増えていく「富栄養化」は、生物にとって良いことにも見えますが、ここで「栄養」というのは、植物性プランクトン等が成長するための栄養分を指しています
　窒素やリンが急速に増えて富栄養化が進むと、植物プランクトンや藻が大量に発生します。そして水が濁り、見た目にも汚くなって悪臭を発生していきます。
　また、植物性プランクトンの急速な増加により水中に届く太陽光がさえぎられ、水中植物が光合成をできなくなり生態系バランスが崩れ、魚や昆虫等の生物にも悪い影響を与えていきます。
　さらに東京湾や三河湾などでは、増殖した植物プランクトンの死骸をバクテリアが分解する際に、海水中の酸素を大量消費する事で酸素濃度が薄くなる「貧酸素水塊」が海底付近に発生しています。この貧酸素水塊が海面に浮上する「苦潮」の影響で海洋生物の生存が困難になる環境問題もあります。